Daniel Ellsberg föddes den 7 april 1931 i Chicago och växte upp i Detroit. Föräldrarna var ashkenaziska judar som hade konverterat till kristen vetenskap och det var den tron sonen Daniel uppfostrades i. Enligt Ellsberg uppfattade föräldrarna familjen som judisk men inte när det gällde religion.

Modern önskade att Daniel skulle bli konsertpianist, men han upphörde med att spela piano i juli 1948. Ellsbergs mor och syster hade omkommit i en bilolycka två år tidigare när fadern hade somnat bakom ratten.

År 1952 utexaminerades Ellsberg från Harvard med nationalekonomi som huvudämne. Han fick sedan ett Woodrow Wilson-stipendium och kunde åka till Cambridge i England, där han studerade i ett år. Han återvände till Harvard och tillbringade sedan tre år i USA:s marinkår. I slutet av 1950-talet anställdes han som analytiker av Rand Corporation, en tankesmedja vars målsättning är att öka välfärd och säkerhet i USA. På den tiden var tankesmedjans huvudsakliga uppgift att producera analyser till militärt bruk.

År 1962 disputerade Ellsberg för doktorsgraden vid Harvard i nationalekonomi med en avhandling i beslutsteori. Inom sitt forskningsfält blev han känd för Ellsbergs paradox som handlar om beslut som avviker från vad som förutsägs enligt teorin om förväntad nytta.

I augusti 1964 anställdes Ellsberg av Pentagon, USA:s försvarsdepartement, som medarbetare åt John McNaughton som ansvarade för internationella säkerhetsärenden. På den tiden var Robert McNamara försvarsminister och USA involverades i allt högre grad i Vietnamkriget. På Ellsbergs första dag på det nya jobbet inträffade fantomattacken i Tonkinbukten som president Lyndon B. Johnson använde som motivering till massiva bombardemang av Nordvietnam. Incidenten har senare uppfattats som en falsk flagg-attack något i stil med Sovjetunionens skott i Mainila 1939.

Ellsberg tillbringade själv två år i Sydvietnam och företrädde där utrikesdepartementet och arbetade under Edward Lansdale på USA:s ambassad i Saigon. Generalmajor Lansdale hade lämnat USA:s flygvapen hösten 1963. Enligt Ellsbergs uppfattning hade detta skett för att han hade vägrat att delta i USA:s kupp mot Sydvietnams president Diem och McNamara hade därför fått nog av Lansdale. I vilket fall som helst hade Lansdale en relativt oklar diplomatroll i Saigon och uppdraget som hans medarbetare gav Ellsberg möjligheter att bekanta sig med det egentliga läget i Vietnam.

Efter återkomsten från Sydvietnam återvände Ellsberg till Rand Corporation. År 1967 beställde försvarsminister McNamara en hemligstämplad studie om Vietnamkriget som blev känd som The Pentagon Papers. 7 000 sidor av dokument presenterades till McNamara och hans efterträdare Clark Clifford i början av 1969. Ellsberg var en av författarna till rapporten och det var dessa dokument han läckte till The New York Times år 1971.

År 1968 hade Ellsberg blivit djupt påverkad av mötet med den indiska gandhianska fredsaktivisten Janaki Natarajan Tschannerl. Också den pakistanska antikrigsaktivisten Eqbal Ahmad gjorde ett djupt intryck på honom. Ellsbergs världssyn kom att präglas av pacifism och principer för icke-våld. Så småningom började Ellsberg besöka aktivistmöten regelbundet och lämnade Rand Corporation. Mellan 1970 och 1972 arbetade han som forskare vid Massachusetts Institute of Technology.

När det gäller Ellsbergs roll som visselblåsare, hade han först tänkt att en sympatetisk senator kunde läcka dokumenten, för att en senator skulle undgå rättsliga påföljder för läckan. Han försökte med bl.a. J. William Fulbright och George McGovern. Till sist läckte han dokumenten till pressen, men The New York Times förhindrades av Nixonadministrationen från att publicera det läckta materialet. Efter en rättstvist avgjorde ändå USA:s högsta domstol att det var tillåtet att publicera materialet.

Innan dess läste Mike Gravel över 4 000 sidor av The Pentagon Papers i en så kallad filibuster i protest mot Vietnamkriget. Han hade fått dokumenten av journalisten Ben Bagdikian som hade fått dem av Ellsberg. Fast Gravel misslyckades med att hålla talet i senatens plenum där han ville få slut på värnplikten, lyckades han att sammankalla ett möte för ett underutskott som han var ordförande för och där få materialet till kongressens protokoll. I underutskottet för byggnader förklarade Gravel att kriget tog så mycket av finansieringen för byggnadsverksamheten i USA att hans filibuster var relevant.

Maximistraffet för Ellsbergs läcka var 115 år i fängelse. Han gav sig till myndigheterna innan Gravel fick en stor del av dokumenten till kongressens protokoll och innan USA:s högsta domstol avgjorde att The New York Times fick publicera dem. I maj 1973 blev Ellsberg frikänd efter en lång rättsprocess.

Under sina sista 50 år var Ellsberg en synlig figur i den amerikanska fredsrörelsen. Han stödde andra visselblåsare som t.ex. Edward Snowden. I början av 2000-talet var han en synlig motståndare till Irakkriget. Ellsberg stödde också Occupy-rörelsen. Ännu på 2020-talet var han aktiv när det gällde att uppträda i försvar för Chelsea Manning och Julian Assange.

Daniel Ellsberg var gift två gånger. Först var han gift med Carol Cummings, dotter till en brigadgeneral. Sonen Robert och dottern Mary är från det första äktenskapet. Robert är en religiös författare som har bl.a. skrivit om Gandhis syn på kristendomen och Mary är epidemiolog. År 1970 gifte Ellsberg sig med Patricia Marx, dotter till en betydande leksakstillverkare. Sonen Michael Ellsberg är från det andra äktenskapet. Han är journalist och författare och har bland annat skrivit om männens roll i #metoo-rörelsen.

Daniel Ellsberg var en av mottagarna till Right Livelihood Award år 2006. Priset har grundats av den svensk-tyska filantropen Jakob von Uexküll. År 2018 mottog han Olof Palmepriset. Ellsberg fick också andra utmärkelser för sin pacifistiska gärning.